НАВЧАЛЬНО-НАУКОВА ЛАБОРАТОРІЯ ПЛР-ДІАГНОСТИКИ

Навчально-наукова лабораторія ПЛР-діагностики створена у рамках проекту Project “Improving skills in laboratory practice for agri-food specialists in eastern Europe» (Ag-Lab) Program Erasmus +, project KA2 n° 586383-EPP-1-2017-1-SI-EPPKA2-CBHE-JP (2017-2978/001-001) (Підвищення навичок з лабораторної практики для спеціалістів агропродовольчого сектору у Східній Європі, (Агро-Лаб), програма «Еразмус+»).

Лабораторія функціонує з метою широкого залучення науково-педагогічних працівників та здобувачів освіти всіх рівнів університету до проведення фундаментальних досліджень і здійснення прикладних розробок за пріоритетними напрямами наукової та інноваційної діяльності, формування навичок для роботи зі складним лабораторним обладнанням, проведення молекулярно-біологічних та генетичних досліджень.

Дослідження лабораторії виконуються в напрямах:

• маркерна селекція сільськогосподарських культур, застосування ДНК-маркерів, тісно зчеплених з локусами, що детермінують цінні господарські ознаки рослин;
• генетика імунітету рослин, виявлення збудників інфекційних захворювань;
• ізоляція генетичного матеріалу, клонування генів та їх фрагментів;
• діагностика та ідентифікація ГМО в посівному та садивному матеріалі, кормах і харчових продуктах;
• вивчення генетичних основ фенотипової мінливості на молекулярному рівні для ідентифікації локусів хромосом;
• визначення генетичної різноманітності біологічних об’єктів та філогенетичної спорідненості на рівні сортів, видів, родів;
• картування геномів для більш точної генетичної паспортизації сортів рослин.

Лабораторія є структурним навчально-науковим підрозділом факультету агротехнологій та природокористування.

Основними завданнями лабораторії є:

• проведення на високому науковому, методичному і технічному рівнях лабораторно-практичних занять зі студентами спеціальностей 201 “Агрономія”, 202 “Захист і карантин рослин”;
• сприяння виконанню наукової роботи студентів, аспірантів та викладачів;
• сприяння підвищенню якості підготовки фахівців з агрономії та захисту рослин завдяки реалізації практичної і творчої складових змісту навчання;
• систематичне оновлення та удосконалення навчально-лабораторної бази, технічних засобів навчання, комп’ютеризації та інформатизації навчального процесу;
• створення на робочих місцях безпечних умов праці відповідно до вимог чинного законодавства.

Лабораторія розміщується у закріпленій за нею аудиторії № 13. Робоче місце викладача обладнане демонстраційним столом, засобами візуалізації, пристосуванням для використання технічних засобів навчання тощо. Лабораторія обладнана навчально-наочними посібниками, технічними засобами навчання, стендами, секційними шафами для збереження приладів, посуду, розхідних матеріалів та навчально-наочного обладнання, витяжною шафою для роботи з реактивами, високотехнологічним обладнанням для проведення молекулярно-генетичних досліджень.

Лабораторія функціонує на площах і науково-лабораторній базі університету, має відповідне матеріальне забезпечення. Вона сприяє проведенню наукових семінарів, наукових шкіл, наукових конференцій, симпозіумів та конгресів, розробляє потрібні для навчального процесу наукові та методичні матеріали відповідно до актуальних та перспективних напрямків навчальних та наукових робіт університету.

Лабораторія є базою для проведення лабораторних занять для здобувачів вищої освіти за освітніми програми 201 “Агрономія”, 202 “Захист і карантин рослин”, з наступних дисциплін:

• Генетика;
• Клітинна і молекулярна біологія;
• Генетика імунітету до збудників хвороб і шкідників;
• Генетична інженерія;
• Загальна вірусологія;
• Молекулярна вірусологія;
• Інструментальні методи аналізу;
• Діагностика та ідентифікація ГМО, ДНК-паспортизація;
• Спеціальна генетика польових культур;
• Сортові ресурси та їх формування;
• Біотехнологія в рослинництві;
• Біотехнологія в АПК.

Здобувачі вивчають методи молекулярної біології: виділення ДНК, постановка полімеразної ланцюгової реакції, розділення ДНК з допомогою гель-електрофорезу.

Сільськогосподарським підприємствам, фермерським господарствам, садівникам-городникам пропонується співробітництво:

• діагностика посівного та садивного матеріалу, а також сільськогосподарської продукції на наявність генно-модифікованих організмів (ГМО);
• проведення молекулярно-генетичної діагностики збудників бактеріальних та вірусних хвороб сільськогосподарських культур;
• арбітражні функції щодо сортової типовості посівного та садивного матеріалу;
• виявлення генів резистентності патогенних мікроорганізмів рослин до засобів захисту.

Міжнародні та ДБТ, які виконуються в межах лабораторії:

• “Визначення генетики кількісних ознак льону посівного” (номер державної реєстрації – 0119U103780);
• “Відбір перспективних ліній пшениці м’якої для створення сортів з груповою стійкістю до хвороб” ” (номер державної реєстрації – 0119U102849);
• “Improving skills in laboratory practice for agro-food specialists in Eastern Europe (Ag – Lab) Erasmus + program, project KA2 n ° 586383-EPP-1-2017-1-SI-EPPKA2-CBHE-JP (2017-2978 / 001-001)”.

У наявності лабораторії є сучасні прилади та обладнання:
Ампліфікатор Bio–Rad T-100 (термоциклер, ПЛР-машина) – прилад, що забезпечує періодичне охолодження і нагрівання пробірок, зазвичай з точністю не менше 0,1 °C. Ампліфікатор використовується в молекулярній біології для ампліфікації ДНК методом полімеразної ланцюгової реакції.
Центрифуга для виділення ДНК Вотрекс МС-3500 – застосовується при обробці тканин, клітин, а також для виділення ДНК.
УФ-бокс стерильний для ПЛР UVB-1 застосовується для чистої роботи з ДНК-пробами. Забезпечує захист досліджуваних зразків від забруднення чужорідним матеріалом (контамінації).
Горизонтальна камера для електорофорезу Sub Cell GT – застосовується для поділу фрагментів ДНК по довжині. Метод заснований на різній швидкості руху фрагментів різної довжини при русі в гелі під дією зовнішнього електричного поля. При проведенні електрофорезу фрагменти ДНК мігрують в гелі під впливом сил електричного поля. Електрофорез проводиться в камері, заповненій буферним розчином.
Трансілюмінатор UV Uviev Mini – джерело УФ-світла що застосовується для індукції флуоресцентного випромінювання, що виникає у барвнику між двома нитками ДНК або дволанцюгової РНК. Використовується для виявлення молекул нуклеїнових кислот, розділених у гелевому електрофорезі.
Термостат твердотілий ТТ-12 – призначений для підтримки постійної температури зразків в мікропробірках, які розміщуються в лунках алюмінієвого блоку. Лунки мають профіль термостатичної пробірки. Розроблений для тривалої інкубації при різних температурних режимах.
Система відеофіксації та обробки результатів «Біотест» – використовується на заключному етапі ПЛР і дозволяє фіксувати результати досліджень для подальшої обробки та інтерпретації.
Центрифуга Microspin 12BS-010113-AA1 призначена для розділення неоднорідних рідких систем у полі центробіжних сил. Може бути використана у хімічних, біохімічних, біологічних, екологічних та медичних дослідженнях.
Міні-ротатор РВ-12 призначений для м’якого вертикального перемішування будь-яких біологічних матеріалів, у т.ч. білків та інших органічних сполук, їх інкубації та культивації.
Дозатори змінного об’єму ДПОП-1 та Proline Sartorius використовуються для дозування рідких реагентів.
Вакуумний відсмоктувач ВВ-1 – прилад для видалення рідин та супернатантів.
ph-метр 56ph – прилад для визначення кислотності буферних розчинів та інших реактивів.
Джерело живлення SPN300-03C – електроприлад, необхідний для забезпечення постійного струму під час електрофорезу.
Електронні ваги FEH-300 – потрібні для зважування біологічних зразків та сипучих матеріалів.
Морозильна камера Liebher G1223 – необхідна для довготривалого зберігання зразків та препаратів ДНК / РНК.
Холодильник ATLANT MXM 2835-95 – призначений для зберігання зразків, реактивів та інкубації нуклеїнових кислот.
Компютер PC Pentium G4400 – використовується для зберігання та обробки результатів досліджень, а також візуалізації та демонстрації фото- і відеофайлів.
Компютер ASUS V222GAK-WA003D (90PT0212-M00780) – призначений для візуалізації результатів електрофорезу нуклеїнових кислот в агарозному гелі.
Шафа витяжна ШВ-1 – призначена для роботи з різноманітними реактивами, у тому числі леткими сполуками.

Основні розробки за останні роки:

1. Чучвага В., Йотка О., Кривошеєва Л., Верещагін І. Патогенність популяції гриба Fusarium oxysporum (f. lini) на різних за стійкістю сортах льону-довгунцю в умовах північно-східної частини України. Вісник аграрної науки: науковий журнал, 2018 р. – С. 36 – 40.
2. Вировець В. Г., Верещагін І.В., Оничко В.І., Кандиба Н.М. Вплив родинно-групового добору на збільшення вмісту олії у рослинах конопель сорту Гляна. Вісник СНАУ: Агрономія і біологія. 2018. Вип. 3 (35). – С. 106 – 108.
3. Коваленко І.М., Кандиба Н.М., Рожкова Т.О., Крючко Л.В., Бакуменко О.М., Коваленко В.М., Верещагін І.В., Данильченко О.М. Лабораторна справа в агрономії: Навчальний посібник. Суми: СНАУ, 2020 р. 294 с.

КОНТАКТИ
Керівник лабораторії: Верещагін Ігор Володимирович, к.с-г.н., ст. викладач
Адреса: 40000, Суми, вул. Герасима Кондратьєва, 160, факультет агротехнології та природокористування
Телефон: +380958898837
E-mail: ihor_vereschahin1986@ukr.net

Presentation video of the Ag-Lab project/Презентаційний фільм щодо діяльності проекту Ag-Lab

ФОТОГАЛЕРЕЯ